Вправе ли ООО в процессе своей деятельности применять одновременно 2 специальных режима налогообложения: ЕНВД и УСН? Установлен ли в НК РФ порядок ведения налогоплательщиками, совмещающими УСН и систему налогообложения в виде ЕНВД, раздельного учета? Установлены ли какие-либо санкции за неисполнение обязанности по его ведению?

Рассмотрев вопрос, мы пришли к следующему выводу:
Организация вправе одновременно применять УСН и уплачивать ЕНВД по разным видам предпринимательской деятельности.
НК РФ не определяет конкретного порядка ведения налогоплательщиками, совмещающими УСН и систему налогообложения в виде ЕНВД, раздельного учета, а также не устанавливает санкций за неисполнение обязанностей по его ведению.

Обоснование вывода:
Согласно п. 1 ст. 346.11 НК РФ упрощенная система налогообложения (далее - УСН) организациями и индивидуальными предпринимателями применяется наряду с иными режимами налогообложения, предусмотренными законодательством РФ о налогах и сборах.
В соответствии с п. 1 ст. 346.26 НК РФ система налогообложения в виде единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности (далее - ЕНВД) применяется наряду с общей системой налогообложения и иными режимами налогообложения, предусмотренными законодательством РФ о налогах и сборах.
Совокупность приведенных норм, а также положения п. 4 ст. 346.12 НК РФ позволяют сделать вывод о том, что как организации, так и индивидуальные предприниматели вправе одновременно применять УСН и уплачивать ЕНВД.
Аналогичную позицию неоднократно высказывали и уполномоченные органы (смотрите, например, письма Минфина России от 17.02.2017 N 03-11-11/9389, от 07.12.2015 N 03-11-06/2/71123, от 25.10.2015 N 03-11-06/3/61231).
При этом специалисты финансового ведомства уточняют, что в отношении одного и того же вида предпринимательской деятельности система налогообложения в виде ЕНВД и УСН одновременно применяться не могут (письма Минфина России от 17.02.2017 N 03-11-11/9389, от 25.10.2015 N 03-11-06/3/61231).
Иными словами, организация вправе, например, уплачивать ЕНВД в отношении предпринимательской деятельности по розничной торговле и применять УСН в отношении предпринимательской деятельности по оптовой торговле.
В силу прямой нормы п. 7 ст. 346.26 НК РФ налогоплательщики, осуществляющие наряду с предпринимательской деятельностью, подлежащей налогообложению ЕНВД, иные виды предпринимательской деятельности, обязаны вести раздельный учет имущества, обязательств и хозяйственных операций в отношении предпринимательской деятельности, подлежащей налогообложению ЕНВД, и предпринимательской деятельности, в отношении которой налогоплательщики уплачивают налоги в соответствии с иным режимом налогообложения.
Нормы соответствующих глав НК РФ не определяют конкретного порядка ведения налогоплательщиками, совмещающими УСН и систему налогообложения в виде ЕНВД, раздельного учета. Учитывая данное обстоятельство, полагаем, что с целью выполнения требований п. 8 ст. 346.18, п. 7 ст. 346.26 НК РФ организация вправе самостоятельно разработать и утвердить в учетной политике для целей налогообложения порядок ведения раздельного учета. Аналогичное мнение нашло отражение в письме Минфина России от 30.11.2011 N 03-11-11/296, постановлении Седьмого арбитражного апелляционного суда от 03.06.2013 N 07АП-3015/13. 
При этом применяемый способ раздельного учета должен позволять однозначно отнести те или иные показатели к разным видам предпринимательской деятельности.
В свою очередь, в письмах Минфина России от 17.06.2010 N 03-11-06/3/85, от 28.04.2010 N 03-11-11/121, от 23.11.2009 N 03-11-06/3/271, от 17.11.2008 N 03-11-02/130 специалисты финансового ведомства указывают, что при совмещении различных режимов налогообложения организациями, являющимися налогоплательщиками ЕНВД, необходимо определять доходы по видам предпринимательской деятельности, облагаемым ЕНВД, на основании данных бухгалтерского учета с учетом положений ст.ст. 249, 250 и 251 НК РФ и с применением кассового метода.
На практике налогоплательщики реализуют ведение раздельного учета, в частности, введением соответствующих субсчетов к счетам 26 "Общехозяйственные расходы", 44 "Расходы на продажу", 90 "Продажи" и т.д.
Например, к счету 26 "Общехозяйственные расходы" могут быть открыты субсчета "Общехозяйственные расходы по деятельности УСН", "Общехозяйственные расходы по деятельности ЕНВД", "Общехозяйственные расходы распределяемые".
В то же время в упомянутом выше постановлении Седьмого арбитражного апелляционного суда от 03.06.2013 N 07АП-3015/13 судьи посчитали достаточным для раздельного учета, в частности, ведение реестров отгрузок по оптовой торговле, по ЕНВД (розница) ведение учета товарооборота по розничной торговой точке (по всем точкам отдельно). При этом на розничных точках в тетрадях фиксировались ежедневные продажи товаров с указанием названия, количества, цены, общей суммы продаж за день. По оптовой торговле продажи регистрировались в книге доходов и расходов и в реестрах отгрузок.
В постановлении ФАС Восточно-Сибирского округа от 09.02.2012 N Ф02-6536/11 по делу N А69-3034/2010 отмечается, что факт ведения раздельного учета обязан доказать налогоплательщик путем представления первичных учетных документов, подтверждающих расходы при исчислении налоговой базы по налогам, исчисляемым по разным специальным налоговым режимам - УСН и ЕНВД.
В случае невозможности разделения расходов по разным спецрежимам их следует распределять пропорционально долям доходов нарастающим итогом с начала года (письма Минфина России от 29.03.2013 N 03-11-11/121, от 16.11.2012 N 03-11-11/348, от 08.06.2012 N 03-11-11/184, постановления ФАС Восточно-Сибирского округа от 09.02.2012 N Ф02-6536/11 по делу N А69-3034/2010, Восемнадцатого арбитражного апелляционного суда от 03.02.2014 N 18АП-13809/13).
Законодательство о налогах и сборах прямо не устанавливает санкций за неисполнение налогоплательщиком обязанностей по ведению раздельного учета при совмещении УСН и системы налогообложения в виде ЕНВД.
Вместе с тем отсутствие раздельного учета может, например, привести к занижению суммы налога, уплачиваемого в связи с применением УСН. В результате налогоплательщик может быть привлечен к налоговой ответственности, предусмотренной ст. 122 НК РФ.
Кроме того, нельзя исключать, что отсутствие раздельного учета может быть квалифицировано проверяющими как грубое нарушение правил учета доходов, расходов и объектов налогообложения (ст. 120 НК РФ).
В этом случае следует учитывать, что, по мнению судей КС РФ (определение от 18.01.2001 N 6-О), положения п.п. 1 и 3 ст. 120 и п. 1 ст. 122 НК РФ, определяющие недостаточно разграниченные между собой составы налоговых правонарушений, не могут применяться одновременно в качестве основания привлечения к ответственности за совершение одних и тех же неправомерных действий. То есть за одно и то же деяние (отсутствие раздельного учета) одновременно по ст. 120 НК РФ и ст. 122 НК РФ налогоплательщик не может быть привлечен к ответственности.

Рекомендуем ознакомиться с материалами:
- Энциклопедия решений. Учет доходов при совмещении ЕНВД и УСН;
- Энциклопедия решений. Учет расходов при совмещении ЕНВД и УСН.

Ответ подготовил:
Эксперт службы Правового консалтинга ГАРАНТ
аудитор, член РСА Завьялов Кирилл

Ответ прошел контроль качества

31 марта 2017 г.

Материал подготовлен на основе индивидуальной письменной консультации, оказанной в рамках услуги Правовой консалтинг.